Первый концерт группы прошёл в легендарном клубе «Полигон», ныне уже закрытом, 28 мая 1997 года. Именно с этой даты начинается существование коллектива Кукрыниксы. Название произошло само неизвестно откуда. Музыканты утверждают, что сначала за группой увязалась кличка «Кукрыниксы», а потом эта самая кличка переросла в название группы. На первом же концерте к музыкантам подошли люди из звукозаписывающей компании Manchester Files. Чуть больше, чем через год на этом лейбле вышел дебютный одноимённый альбом "Кукрыниксы". В альбом вошло 12 композиций, две из которых принесли группе популярность по всей России - это «Не беда», вскоре перезаписанная и переизданная на втором альбоме группы, и «Солдатская печаль». В записи альбома принимали участие Алексей Горшенёв, Александр Леонтьев, Дмитрий Гусев и Максим Войтов.
В 2000 году группа приняла участие в трибьюте Кино «Кинопробы», записав две песни группы Кино: «Скоро кончится лето» и чуть позже «Печаль».
Наиболее значительным событием в истории группы стало выступление на «Нашествии 2001» в Раменском. Для начинающей группы это было серьёзным прорывом. После группа не пропускала ни одного «Нашествия».
Весной 2002 года на свет появился долгожданный второй альбом Раскрашенная душа. Этот альбом знаменателен тем, что в его основе лежит гитарная музыка. Именно после его выхода пресса запестрила заголовками «Ещё одна группа, уверившая в гитарную музыку» и «Гитарный рок Кукрыниксов». Этот альбом группа записывала уже в ином составе, нежели предыдущий. Александр Леонтьев и Максим Войтов задействованы там только в бонус-треках, записанных в более ранний срок в отличие от основного материала. К группе присоединился Дмитрий Оганян, Виктор Бастраков, вскоре ушедший из группы, и Илья Леваков (тоже вскоре покинет коллектив). На одну из песен альбома, а именно на песню «Раскрашенная душа» группа сняла клип, он стал вторым клипом в истории группы (первый клип «Это не беда»). Оба клипа активно ротировались на российском телевидении.
2003 год можно охарактеризовать, как год записи альбома "Столкновение". В конце 2002 года, в своём новогоднем поздравлении на официальном сайте Алексей Горшенёв сказал: "Надеемся, что в следующем году выпустим наш новый альбом Столкновение".Но этого не произошло. Обещанный альбом вышел только весной 2004. Этот альбом показал музыкальной общественности новое звучание группы, которое так долго искали музыканты. В «Столкновении» появляется инструментал («Время»), и это новое для группы, раннее не звучавшее в альбомах и со сцены. Именно с записи этого альбома группа стала по-настоящему «музыкальной семьёй». Состав группы не меняется по 2008 год: Алексей Горшенёв (вокал, тексты, ритм-гитара), Дмитрий Гусев (гитара, музыка), Дмитрий Оганян (бас-гитара, бэк-вокал), Роман Николаев (ударные), Стас Майоров (звук, программирование). 15 мая 2004 года в питерском клубе «Старый дом» прошла презентация альбома «Столкновение». Этот самое действие было заснято на многочисленные видеокамеры, которые были расположены в помещении клуба. Осенью того же года вышел DVD «Столкновение Live» с этим концертом и 3 клипами группы, и клипом «Попса» проекта «Рок-Группа».
На песню «Знай» с альбома «Столкновение» был снят видеоклип. Клип группа снимала в Ленинградской области. Клип не получил широкой популярности на российском телевидении. Лето-осень музыканты были заняты записью альбома «Фаворит Солнца». Этот альбом вышел в ноябре 2004 года. За это время группа сменила рекорд-компанию с CD-Land на НИКИТИН. Альбом вышел 25 ноября 2004 года, в него вошло 11 песен. В альбоме опять появляется инструментал, а также песня по стихам Сергея Есенина. Запись велась на с тудии ДДТ. К слову сказать, на студии музыканты пишут только голос и бас, всё остальное записывается дома. Дмитрий Гусев считает это хорошей традицией. В конце ноября группа приняла участие в съёмках новогодней передачи «Неголубой огонёк 2», где исполнила знаменитую песню Муслима Магомаева «Свадьба» в дуэте с популярной певицей Алёной Апиной. Алексей Горшенёв: "Вообще это была забавная ситуация. Мы записывали основной материал, а Апина, которой просто дали бумажку с текстом, подпевала нам, что называется, ни сном, ни духом не представляя, кто мы вообще такие. Потом, после выступления, она подошла: «Ой, как клёво — вы такие интересные ребята! Давайте я заново спою свою партию — а то я ведь думала, что это ерунда, и пела только чтобы отвязаться». Конечно, во второй раз она сделала это не лучше, но сам факт интересен" (смеётся).
После данного выступления в прессе стали появляться высказывания насчёт того, что Кукрыниксы ударились в попсу, спев с поп-дивой отечественной эстрады, на что лидер группы возражал: "Мне бы хотелось спеть с ещё худшими исполнителями, потому что здесь мы находимся в более выигрышной ситуации: показываем, что рок-н-ролл лучше, чем все эти эстрадные дела. И чем хуже артист, тем лучше. Хорошо бы спеть вообще с какими-нибудь «Сливками», ведь Алёна Апина всё-таки заслуженная артистка РФ. Кстати, потом я видел это выступление со стороны и не скажу, что оно как-то унизило моё достоинство. Да, бывает, что при таком сотрудничестве выигрывают попсовики, а рокеры остаются ни с чем… но это не тот случай. Мы «остались на коне» — и слава Богу."
31 сентября 2005 года на российские телеканалы вышел фильм Фёдора Бондарчука «9 рота». Ещё задолго до начала съёмок режиссёр фильма предложил Алексею Горшенёву написать песню для фильма, на что Алексей откликнулся и в кротчайшие сроки (буквально за день) была готова песня «9 рота». Песня успешно вошла в ротацию «Нашего Радио» и мгновенно стала популярной. Фёдор Бондарчук сказал, что песня подойдёт для титров фильма. Но замысел и идея фильма постоянно пересматривались, менялись, и в конце концов песня группы идейно не подошла по духу фильма. Но в долгу Бондарчук не остался и предоставил группе материалы из фильма для монтажа видеоклипа группы на новою песню «Звезда». Клип успешно ротировался, и на настоящий момент ротируется на музыкальных телеканалах. К слову сказать, он даже занял первое место в СМС-чарте на MTV. Лето-осень музыканты были заняты записью своего нового, пятого по счёту альбома «Шаман». Новые песни с него: «Звезда», «Родина – фотография», «Падающая звезда», «Иллюзии» группа начала играть и исполнять ещё в апреле этого года.
Также музыканты были заняты записью своего нового, пятого по счёту альбома, "Шаман". Альбом вышел, с некоторым опозданием, только в апреле 2006 года. В него вошли 12 композиций. Альбом получился концептуальным: все композиции в нём сложные, и даже можно сказать тяжелые, хотя и не лишены драйва. Так же на альбоме появилась композиция «Феникс», полностью написанная и исполненная Дмитрием Оганяном.
В декабре 2007 вышел новый альбом группы "XXX".
2008 год для группы начался с того, что после творческих разногласий её покидает звукорежиссёр Станислав Майоров.